Версия 1

Фамилия Гуненко ведет свое начало от прозвища Гунь. По одной из версий, прозвище Гунь восходит к слову «гуня»: так в старину называлась ветхая худая одежда, лохмотья. Кроме того, слово «гуня» употреблялось и по отношению к вялому, нерасторопному, медлительному человеку или неряхе, неопрятному мужчине. Соответственно, можно предположить, что прозвище Гунь указывало на материальное положение или особенности поведения предка Гуненко.

По другой версии, прозвище Гунь связано с прилагательным «гунявый», то есть «лысый, плешивый». Гунявым раньше звали человека, волосы которого поредели или выпали в результате заболевания золотушной сыпью.

Позже прозвище Гунь, для фамилии Гуненко.