Версия 1

Фамилия Губенко образована от личного прозвища и относится к распространенному типу украинских фамилий, о чем свидетельствует суффикс -енко.

У славян издревле существовала традиция давать человеку прозвище в дополнение к имени, полученному им при крещении. Связано это было с тем, что церковных имен было сравнительно немного, и они часто повторялись. Прозвище же позволяло легко выделить в обществе человека. Это было очень удобно, поскольку запас прозвищ был поистине неисчерпаем. Источниками могли быть: указание на особенности характера или внешности человека, обозначение национальности или местности, выходцем из которой был человек. Иногда прозвища, изначально присоединявшиеся к крестильным именам, полностью вытесняли имена не только в повседневной жизни, но и в официальных документах.

Фамилия Губенко образована от прозвища Губан — так на Руси называли либо толстогубого, либо обидчивого человека. Фамилия довольно старая, о чем свидетельствуют документы XV-XVII вв., где упоминаются: Иван Губенко, крестьянин, 1495 г., Новгород; Губенко Иван, гость, в 1555 г. сведенный на житье в Казань; Алексей Иванович, дворянин, потомок выходца из Смоленска, 1610 г.; Губенко Иван, крестьянин, 1627 г. Это были притяжательные прилагательные с суффиксами –ук /-юк, -енко, изначально указывающие на прозвище отца. Губан, со временем получил фамилию Губенко.