Версия 1

Основой фамилии Гапонин послужило церковное имя Агафон. Гапоня — украинская форма крестильного мужского имени Агафон, которое в переводе с греческого означает «благой, добрый». В истории православия известно шесть святых покровителей этого имени.

На Руси считалось, что если дать ребёнку имя святого или мученика, его жизнь будет благой и светлой или же напротив трудной, потому что существует незримая связь между именем и его святым покровителем.

Скорее всего, основатель рода Гапониных был человеком из простого сословия. Дело в том, что фамилии, образованные от полной формы имени, имела в основном социальная верхушка, знать, или семьи, пользовавшиеся в данной местности большим авторитетом, представителей которых соседи уважительно звали полным именем, в отличие от других сословий, звавшихся, как правило, уменьшительными, производными, обиходными именами. Гапоня, со временем получил фамилию Гапонин.