Версия 1

Фамилия Войтешенко ведет свое начало от прозвища Войтеш. Прозвище Войтеш восходит к нарицательному "войт". В старину войтом в Польше, на Украине и в некоторых западных регионах России называли начальника, городского чиновника, старшину или выборного старосту в сельском округе. В обязанности войта входило установление очередности выполнения работ по благоустройству, сбор поборов с лавок в городе, расход собранных сумм, решение всех других городских дел. Скорее всего, основатель рода Войтешенко занимал одну из этих должностей.

По другой версии, эта фамилия образована от польского имени Войцех (Wojciech - «воин»), не имеющего аналогов в русском языке, однако его варианты есть в других славянских языках (например, в чешском — Войтек). Это имя (и, как следствие, фамилия) также нередко встречается среди украинцев и белорусов.