Версия 1

Фамилия Ваган представляет собой застывшую форму прозвища. Прозвище Ваган предположительно образовано от диалектного глагола «ваганиться», то есть «баловать, шалить, играть, шутить». Таким образом, Ваганом могли прозвать человека, склонного к проказам, имевшего обыкновение подшучивать над окружающими.

Менее вероятно, что прозвище Ваган происходит от существительного «ваган» в значении «вахлак, простой крестьянин, мужик». Эта версия представляется менее правдоподобной ввиду того, что нарицательное со значением «мужик» вряд ли могло идентифицировать человека, указать на его отличительные признаки, выделить его среди других крестьян-мужиков.

Возможно и то, что Ваганом прозвали выходца с берегов реки Ваги, протекающей в Вологодской и Архангельской областях, которая является крупнейшим левым притоком Северной Двины.

Согласно ещё одной версии, фамилия Ваган образована от мужского армянского имени Ваган, которое переводится как «щит» или «вездесущий». или именем Ваган, со временем получил фамилию Ваган.