Версия 1

Основой фамилии Бубко послужило мирское имя Бубка. Фамилия Бубко представляет собой застывшую форму мирского имени. Бубко — «окающий» вариант украинского слова «бубка», которое переводится как «ягодка». Слово «ягодка» в старину нередко употреблялось как ласковое именование, а потому Бубкой, скорее всего, прозвали горячо любимого ребёнка.

Также возможно, что мирское имя Бубка имеет охранительное значение. До введения на Руси христианства наречение ребёнка именем, представляющим собой название животного или растения, было очень распространённой традицией. Это соответствовало языческим представлениям человека о мире. Древний человек, живший по законам природы, сам представлял себя её частью. Давая младенцу такое имя, как Бубка, родители хотели, чтобы природа воспринимала ребёнка как своего, чтобы к нему перешли те полезные качества, которыми наделены ягоды. Бубка (Бубко), со временем получил фамилию Бубко.

Практика давать ребенку в дополнение к официальному крестильному имени еще одно, некрестильное, удерживалась вплоть до XVII в. и привела к тому, что фамилии, образованные от мирских имен, составили значительную часть от общего числа славянских фамилий.