Версия 1

Основой фамилии Анишкин послужило церковное имя Иоанникий или Аникита. Анишка — вариант крестильного имени Иоанникий, которое предположительно является родственным древнееврейскому имени Иоанн (переводится как «милость божья»). По другой версии, имя Анишка связано с греческим именем Аникита («непобедимый»).

В истории православия известно шесть святых покровителей имени Иоанникий и два — имени Аникита. На Руси считалось, что если дать ребёнку имя святого или мученика, его жизнь будет благой и светлой или же напротив трудной, потому что существует незримая связь между именем и его святым покровителем.

Скорее всего, основатель рода Анишкиных был человеком из простого сословия. Дело в том, что фамилии, образованные от полной формы имени, имела в основном социальная верхушка, знать, или семьи, пользовавшиеся в данной местности большим авторитетом, представителей которых соседи уважительно звали полным именем, в отличие от других сословий, звавшихся, как правило, уменьшительными, производными, обиходными именами. Анишка, со временем получил фамилию Анишкин.