Версия 1

Основой фамилии Агафонников послужило церковное имя Агафон. Фамилия Агафонников образована от имени Агафонник, которое является народной формой крестильного мужского имени Агафон. Это имя всегда считалось простоватым, грубым, хотя исконное, греческое значение его прекрасно: «добро, благо».

Это отмечал и Пушкин. Живо интересовавшийся русскими именами, в примечании к своему роману в стихах он заметил: «Сладкозвучнейшие греческие имена, каковы, например, Агафон, Филат, Федор, Фекла и проч., употребляются у нас только между простолюдинами».

Имя Агафон носили многие религиозные и святые деятели, одними из которых являются следующие: Агафон, римский папа в 678—682 гг.; Агафон, патриарх Иерусалимский в 950—964 гг.; этим именем также назывались два мученика, память которых совершается 10 января и 14 февраля (по юлианскому календарю) и др.

Скорее всего, основатель рода Агафонниковых был выходцем из рабочей или крестьянской среды. Такое предположение объясняется тем, что фамилии, образованные от полной формы имени, имела в основном социальная верхушка, знать, или семьи, пользовавшиеся в данной местности большим авторитетом, представителей которых соседи уважительно звали полным именем, в отличие от других сословий, звавшихся, как правило, уменьшительными, производными, обиходными именами.