Версия 1

Фамилия Губаев образована от прозвища Губа. Так могли шутливо называть обладателя больших, толстых губ, либо обидчивого, напыщенного человека, то есть того, который «гнёт губу». Не исключена связь данной фамилии и с тюркским именем Губа, которое переводится на русский язык как «возвышенный».

Возможно также и то, что слово «губа» употреблялось как мирское имя. В некоторых диалектах губами называют вид грибов. Давая младенцу такие имена, как, например, Волк, Белка, Соловей, Калина, родители хотели, чтобы природа воспринимала ребёнка как своего, чтобы к нему перешли те полезные качества, которыми наделён избранный представитель животного или растительного мира. Однако первая версия представляется более правдоподобной.

В «Ономастиконе» С.Б. Веселовского упоминаются: Яков Михайлович Губа Викентьев, 1479 г.; Михаил Губа Стогинин, 1507г., Белоозеро. Губа, со временем получил фамилию Губаев.