Версия 1

Фамилия Боенко ведет свое начало от прозвища Бой. Прозвище Бой образовано от аналогичного существительного. Скорее всего, таким прозвищем нарекли воина, участвовавшего во многих сражениях.

Согласно другой версии, прозвище Бой этимологически связано с прилагательным «бойкий», то есть «опытный», «смелый», «дерзкий», «ловкий», «проворный», «находчивый» (ср. бой-парень, бой-баба). В таком случае это прозвище указывало на особенности характера основателя рода Боенко.

Позже прозвище Бой, для фамилии Боенко.

Фамилия Боенко образовалась при помощи суффикса -енко. Первоначально он имел следующие значения: «маленький», «молодой человек», «сын». Поэтому Боенко буквально понималось как «сын Боя». Позднее древний суффикс -енко утратил свое прямое значение и сохранился лишь в качестве фамильного.