Версия 1

Фамилия Бердюков образована от прозвища Бердюк, которое восходит к нарицательному «бурдюк» - «козий мех, снятый и выделанный дудкой, целиком; в нем держат чихирь и другие жидкости». Бердюком могли прозвать любителя хмельных напитков, либо торговца винами.

Чередование гласных у/е стало результатом исторических процессов, происходивших в ходе развития языка.

Согласно другой версии, в основе прозвища Бердюк лежит нарицательное «бердник, берденник»: так в старину называли мастера, выделывающего бёрда, то есть гребни ткацких станков. В этом случае прозвище относится к так называемым «профессиональным» именованиям, указывающим на род деятельности человека. Бердюк, со временем получил фамилию Бердюков.