Версия 1

Довольно большая часть фамилий с балтийской основой образована от древне-литовских и древне-латышских имен и прозвищ. Многие из них происходят от слов, означающих природные явления, небесные тела, растения (например, Rasa – роса, Audra – буря, Aidas – эхо, Linas – лён), или от названий рек и местностей (такие как Ula – Ула, Neringa – Неринга, Gintaras – янтарь, Saule – солнце). Эти имена и прозвища подчеркивают близость балтов к природе, их трепетное отношение к ней. Фамилия Банайтис, по одной из версий, восходит к слову «банайте», что в переводе с идиш означает «обновленный». Возможно, основатель рода Банайтис был евреем.

Согласно другой гипотезе, фамилия Банайтис образована от топонима Банат — историческая область в юго-восточной Европе, в междуречье Муреша, Тисы и Дуная, на востоке ограниченном Трансильванскими Альпами. С 12 в. она принадлежала Венгрии, с середины 16 в. до начала 18 в. находилась в составе Австрии. В результате колонизации в 18-19 вв. в Банате сложился пёстрый этнический состав населения (румыны, сербы, хорваты, венгры, словаки, немцы и др.). В 1920 г. большая часть Баната вошла в состав Румынии, остальная - в состав Югославии. Возможно, родоначальник Банайтис жил в этой области. Таким образом, фамилия Банайтис является мужской.