Версия 1

Фамилия Бакотин восходит, вероятно, к названию древнего села Бакота, расположенного в Хмельницкой области на Украине, при реке Днепре. Впервые Бакота упоминается в летописи 1024 года. В XIII веке — крупный город, важнейший политико-административный центр Днестровского Низовья (с XIV века — Подолья), которое входило в Галицко-Волынское княжество.

Археологические раскопки свидетельствуют, что с древнейших времен вдоль берегов Днестра на этом месте располагались языческие святилища и капища, а также курганные женские захоронения. Это указывает на плотную заселенность этих территорий с доисторических времен. Существует также частично подтвержденная подводными исследованиями легенда о семисаженном каменном отпечатке стопы Будды, находящемся сейчас на дне реки Смотрич.

Существует две версии расшифровки этого названия. По одной из них, оно восходит к румынскому слову «бокота» - «кусок хлеба». Возможно, жители этого города выращивали и продавали хлеб в другие селения. Согласно другой гипотезе, Бакота – «желанное, чудесное место» (где «ба» - приставка, корень «кот», «хот» означает «желанный»).

Скорее всего, основатель рода Бакотиных долгое время жил в этом городе, за что и получил прозвище Бакота. Бакота, со временем получил фамилию Бакотин.