Версия 1

Вероятно, Афанака — просторечный вариант имени Афанасий, которое в переводе с греческого означает «бессмертный». Это имя было довольно распространено в старину, поскольку часто встречалось в святцах: в истории православия известно более тридцати святых покровителей этого имени.

Скорее всего, основатель рода Афанакиных был человеком из простого сословия. Дело в том, что фамилии, образованные от полной формы имени, имела в основном социальная верхушка, знать, или семьи, пользовавшиеся в данной местности большим авторитетом, представителей которых соседи уважительно звали полным именем, в отличие от других сословий, звавшихся, как правило, уменьшительными, производными, обиходными именами.

По другой версии, фамилия Афанакин является вариантом греческой фамилии Афанаки, адаптированной русскими. В этом случае фамилия Афанаки может быть образована от прозвища Афан, которое переводится как «темный» или «скрытный». Афанака, со временем получил фамилию Афанакин.