Версия 1

Основой фамилии Агафонкин послужило церковное имя Агафон. Агафонка – это просторечная форма крестильного мужского имени Агафон. Имя это всегда считалось простоватым, грубым, хотя исконное, греческое значение его прекрасно: «добро, благо». Это отмечал и Пушкин. Живо интересовавшийся русскими именами, в примечании к своему роману в стихах он заметил: «Сладкозвучнейшие греческие имена, каковы, например, Агафон, Филат, Федор, Фекла и проч., употребляются у нас только между простолюдинами».

Скорее всего, основатель рода Агафонкиных был выходцем из рабочей или крестьянской среды. Такое предположение объясняется тем, что фамилии, образованные от полной формы имени, имела в основном социальная верхушка, знать, или семьи, пользовавшиеся в данной местности большим авторитетом, представителей которых соседи уважительно звали полным именем, в отличие от других сословий, звавшихся, как правило, уменьшительными, производными, обиходными именами. Агафонка, со временем получил фамилию Агафонкин.